本课题所涉及的研究内容较多，课题组主要承担单位由3个科研单位和1个企业单位组成，还将根据课题需要吸纳部分循环水养殖企业和水处理设备专业生产厂家参加课题研发工作。课题实行项目负责人负责制，对课题进行有效组织和严格的管理。建立任务合同制度，按照总体要求，进行分工。明确规定研究内容和考核指标，任务落实到人。各参加单位有关负责人要定期就承担的任务进展情况总结汇报。课题负责人根据是否达到所规定的年度计划和技术指标，决定是否拨出次年经费。课题严格执行国家科技计划管理办法和相关规定，以及相关国家科技计划经费管理办法及国家其他有关财务规章制度。同时采取不同形式经常进行学术讨论和交流，通过学术研讨会促进课题的顺利进行和水平的提高。自主创新和集成创新是课题的灵魂，合同所规定的研究内容是最基本目标。对合同所规定的指标要不折不扣认真执行的同时，要紧跟国际先进水平，进行创新。

        科研单位主要任务是根据课题提出的技术重点和难点进行联合攻关，解决困扰产业发展的“技术瓶颈”问题，为工厂化循环水养殖技术提供技术支撑。强调企业在课题中的重要性，企业是创新的主体。在课题实施过程中，企业高度重视课题各项研究工作，各合作企业以提升工厂化循环水养殖整体技术水平和产业竞争力为目标，进行集成创新和技术示范，同时大幅度企业提高经济效益，承担更多社会责任，推进工厂化循环水养殖的现代化和工业化进程。课题组更加成果的应用与示范，已对11项研究内容进行了阶段性验收，建立示范基地14个，养殖示范面积超过17.3万m2。